Glycan Cleanup


Glycan을 성공적으로 분석하기 위해서는 샘플에서 salts, 단백질, 펩타이드 또는 과도한 유도체 시약과 같은 오염 물질을 반드시 제거해 주어야 합니다. Glycan labeling 및 효소 (예: glycan release 또는 exoglycosidase) 처리 후 clean up step을 수행할 수 있습니다.
Glycosylation 분석 과정에 특히 유용한 glycan clean up 방법은 다음과 같습니다.

Hydrophilic interaction

Glycan이 높은 농도의 특정 유기 용매 안에 존재 하는 경우, 친수성 매트릭스를 사용하여 glycan을 clean up 합니다. Glycan을 친수성 매트릭스에 결합시키고 소수성 non-glycan 오염 물질은 유기 용매로 씻어냅니다. 이후 매트릭스에 결합된 glycan은 수용성 용매로 용출하여 회수합니다. 예: Ludger Clean S 또는 T1 cartridge, Permethylation Cleanup Plate, Procainamide Cleanup Plate

Electronic interaction

sp2 하이브리드 전자가 분자상으로 매우 평평한 표면을 가진 특수 resin을 사용합니다. Glycan을 수용액 안에서 특수 resin으로 포획합니다. 염과 같은 비 유기성 물질은 씻어내고, 유기-수용성 혼합용매로 용출하여 glycan을 회수합니다. 이 방법은 광범위한 glycan clean up에 아주 많이 사용되며, 탄수화물의 신속한 정제가 가능합니다. 예: LudgerClean EB10, EB50 cartridge 

  • 양이온 교환 예: LudgerClean CEX cartridge
  • 소수성 상호작용 예: LudgerClean PBM plate

다음 표에 LudgerClean 제품의 다양한 응용분야가 요약되어 있습니다.

LudgerClean A cartridges

Hydrophilic interaction amide cartridges.

2AA, 2AB labelled N-glycans, or APTS labeled glycans, VTag labeled glycopeptides 정제에 사용합니다.
Vacuum manifold system을 사용하여 96개 cartridges를 동시에 처리할 수 있습니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-A-24
24
LudgerClean S cartridges

Hydrophilic interaction cellulose cartridges.

2AB labeled glycan을 가장 신뢰도 있게 정제하는 방법중의 하나는 S cartridge를 사용하는 것입니다. FDA 및 EMA 승인 바이오의약품의 lot release를 위해 glycoprofiling QC 과정에서 사용되고 있습니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-S-A6
6
LudgerClean EC50 cartridges

Graphitized carbon cartridges.

Glycans과 cartridge 표면의 전자적 상호작용을 통해 대부분의 salts, 단백질 및 detergents 등을 포함한 비 탄수화물 물질에서 glycans을 정제합니다. EB10 cartridge와 동등한 효율성 및 재현성을 가지고 있어 보다 저렴한 가격으로 사용 가능합니다.
PNGase F, exoglycosidase, Hydrozinolysis 처리 후 그리고 2-AA or 2-AB labeling 전후의 glycan 정제에 사용합니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-EC50-24
24
LudgerClean EB10 cartridges

Graphitized carbon cartridges. 

Glycans과 cartridge 표면의 전자적 상호작용을 통해 대부분의 salts, 단백질 및 detergents 등을 포함한 비 탄수화물 물질에서 glycans을 정제합니다.
PNGase F, exoglycosidase, Hydrozinolysis 처리 후 그리고 2-AA or 2-AB labeling 전후의 glycan 정제에 사용합니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-EB10-A6
6
LudgerClean T1 cartridges

Hydrophilic interaction cartridges. 

2-AB 및 2-AA labeling 이후 glycan 정제에 사용합니다.
각 팩에는 6개의 cartridge가 들어 있으며 최대 96 개의 cartridge를 동시에 처리할 수 있는 진공 manifold와 함께 사용할 수 있습니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-T1-A6
6
LudgerClean CEX cartridges

Cation exchange resin carbon cartridges. 

대부분의 salts, 단백질, detergent 등을 포함한 비 탄수화물 물질에서 O-glycans을 정제합니다.
Hydrozinolysis 또는 기타 비 환원 O-glycan release 이후에 glycans 정제에 사용합니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-CEX-A6
6
LudgerClean EC50 plate

Graphitized carbon cartridges. 

Salts 및 detergents를 포함한 다양한 복합 혼합물에서 Glycans 정제합니다.
96 well bottom plate로 진공 manifold와 함께 사용합니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-EC50-96
96 wells/plate
LudgerClean Procainamide clean-up plate

특수 glycans 결합 membrane이 들어 있는 96 well membrane-bottom plate로 진공 manifold와 함께 사용합니다.
과도한 procainamide dye는 membrane을 통과하는 반면 labeled glycans은 membrane에 결합되어 이 두 성분을 분리할 수 있습니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-PROC-96
96 wells/plate
LudgerClean Pre-Permethylation clean-up plate

특수 glycans 결합 membrane이 들어 있는 96 well membrane-bottom plate로 진공 manifold와 함께 사용합니다.
Glycans이 membrane에 결합되어 있는 동안 enzymatic N-glycan release 불순물 등을 세척할 수 있습니다. 농축된 glycans은 마지막에 용출하여 permethylation 전에 건조시킵니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-PREMET-96
96 wells/plate
LudgerClean PBM 96-well clean-up plate

0.45 µm의 pore size를 가진 특수 단백질 결합 membrane이 들어 있는 96 well membrane-bottom plate로 진공 manifold 또는 96-well plate rotor가 장착된 원심분리기와 함께 사용합니다.
단백질이 membrane에 결합되어 있는 동안 Glycans은 membrane을 통과하여 이 두 성분을 분리할 수 있습니다. 

Post-exoglycosidase clean-up

Exoglycosidase 효소를 이용하여 말단의 단당을 떼어낸 후, 남아 있는 효소 및 기타 단백질과 펩타이드 등 오염물질을 제거하여 크로마토그래피 분석 시 HPLC column의 오염을 방지하고 또한 glycans의 질량 분석 전에 단백질을 제거하는 데 사용할 수 있습니다. 

Post-endoglycosidase Clean-up

Endoglycosidase 효소를 이용하여 당단백질에서 glycans을 release한 후, 남아 있는 효소 및 기타 단백질과 펩타이드 등 오염물질을 제거하면 샘플이 더 깨끗해지고 glycans의 형광 라벨링 signal을 증가시킵니다. 또한 glycans의 permethylation 및/또는 질량 분석 전에 효소 및 기타 단백질과 펩타이드 물질을 제거하는 데 사용할 수 있습니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-PBM-96
96 wells/plate
LudgerClean 96-well Post-Exoglycosidase 
Clean-up Spin Columns

스핀 칼럼에는 약 30 kDa의 분자량 컷오프 할 수 있는 특수 변형 polyethersulfone membrane이 들어있습니다. Eppendorf 튜브에 적합한 로터가 장착된 모든 원심분리기와 호환됩니다. Glycans은 membrane을 통과하는 반면 단백질은 유지되어 이 두 성분을 분리할 수 있습니다.

Post-exoglycosidase clean-up

Glycan 효소분해/시퀀싱 이후 exoglyicosidase 효소 및 기타 단백질을 제거하여 크로마토그래피 분석 시 HPLC column의 오염을 방지하고 또한 glycans의 질량 분석 전에 exoglycosidase 또는 단백질을 제거하는 데 사용할 수 있습니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-EXO-A6
6
LudgerClean Post-Exoglycosidase Clean-up Plate

약 30 kDa의 분자량 컷오프 할 수 있는 특수 변형 polyethersulfone membrane이 들어 있는 96 well membrane-bottom plate로 진공 manifold 및 96-well plate rotor가 장착된 원심분리기와 함께 사용합니다. Glycans은 membrane을 통과하는 반면 단백질은 유지되어 이 두 성분을 분리할 수 있습니다.

Post-exoglycosidase clean-up

Glycan 효소분해/시퀀싱 이후 exoglycosidase 효소 및 기타 단백질을 제거하여 크로마토그래피 분석 시 HPLC column의 오염을 방지하고 또한 glycans의 질량 분석 전에 exoglycosidase 또는 단백질을 제거하는 데 사용할 수 있습니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-EXO-A96
96 wells/plate
Ludger Valocity Vacuum Manifold System

최대 96개의 샘플을 동시에 처리할 수 있는 96 well microplate 형식입니다. 개별 cartridge (예: LC-T1-A6 또는 LC-A-24) 또는 96 well plate (예: LC-EXO-96, LC-PBM-96 또는 LC-PERMET-96)과 함께 사용할 수 있습니다.

Part Number
No. of cartridges
LC-VAC-MANIFOLD-KIT
96 wells/plate
LC-VAC-TRAP-KIT

LP-COLLPLATE-2ML-96

LP-COLLPLATE-LID-96

LP-HOLDER-96

PL-PLUG-96

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