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SimGlycan®

SimGlycan®은 질량분석기 데이터를 사용하여 glycans 및 glycopeptides의 구조를 예측합니다.
SimGlycan ®, 은 질량분석기에 의해 생성된 MS/MS 실험 데이터를 받아들여 자체 이론단편
데이터베이스와 비교해 예상후보 구조 목록을 생성합니다.

각각의 구조가 여러분의 질량분석 실험데이터와 얼마나 일치하는가에 의거해 점수를 매깁니다.
또한, glycan 클래스와 같은 가능한 glycan 구조, 반응, 경로 및 효소에 대한 다른 생물학적 정보를
평이한 참조용으로 만듭니다.



Glycan & Glycopeptide MS/MS Data Analysis Tool

SimGlycan ®은 혁신적인 glycan과 glycopeptide MS/MS 데이터 분석 도구입니다.
SimGlycan®은 glycan 구조를 예측하고 득점을 매기고 MS 실험 프로파일과 일치 가능한 glycan의
목록을 생성하여 여러분의 고된 glycan 분석 작업 시간절약을 절약해 줍니다. SimGlycan ®은
질량분석기를 이용하여효소로 쪼갠 glycopeptides 또는 precursor ion m/z 값으로부터 관련된
glycan 구조와 함께peptide를 확인합니다. 실험 데이터와의 근접도 확인을 위해 선택한 glycopeptide에
대한 MS/MS 데이터 분석을 수행할 수 있습니다. Peptide sequence나 peptide 질량에 대한 정보가
없는 경우 이 분석이 필요합니다.

Glycan & Glycopeptide MS/MS Data Analysis for Studying Glycosylation

Post-translational modification의 요소인 Protein Glycosylation은 peptide sequence에 glycan이
추가된 결과입니다. Glycopeptides는 다수의 생물학적 기능을 나타내는 것으로 알려져 있습니다. 정의된
구조적 특징에 대한 명확한 기능적 특성을 파악하기 위해서는 각각의 glycan 부분에 대한 자세한 정보가
필수입니다. 이러한 모든 현상을 이해하기 위하여 glycosylation 분석에 대한 관심이 점점 커지고 있습니다.
또한 Glycans이 배아 발달, 세포내/외 활성, 면역기능 조절, 호스트 조직으로 병원체 유도, 세포 분열 과정과
단백질 조절 및 상호 작용과 같은 많은 생물학적 과정에 관여하는 것으로 밝혀졌습니다

Glycoprotein의 glycosylation 분석은 생화학자들에게 오랜 도전과제였습니다.
SimGlycan®이 질량분석기로 얻은 MS/MS 데이터에서 glycan 또는 glycopeptide의 구조예측을
지원합니다. Permethylation이나 다양한 reducing terminal modifications과 같은 여러 화학 유도체와
함께 glycopeptides와 방출된 glycans 모두의 MS/MS 프로파일을 지원합니다.
Applied Biosystems (AB SCIEX TOF/TOF 5800, AB SCIEX 4800 Plus MALDI TOF/TOF™ Analyzer,
AB SCIEX 4000 QTRAP® System, and AB SCIEXQSTAR® Elite System)나 Bruker Daltonics
(maxis UHR-TOF, APEX, micrOTOF, micrOTOF-Q and HCT series) 질량분석기의 RAW 파일형식을
직접 혹은 표준파일 형식으로 SimGlycan ®에 업로드 할 수 있습니다.

SimGlycan®은 자신의 이론단편 데이터베이스와 질량분석 실험 프로파일을 비교하여 예측 가능한 glycan
구조 목록을 생성합니다. 각각의 구조가 질량분석 실험 데이터와 비교하여 얼마나 일치하는가에 의거해 점수를
매깁니다. glycan 클래스(N-Linked, O-Linked, heparin, lipopolysaccharide 등), 반응, 경로 및 효소와
같은 구조에 대해 알려진 생물학적 정보를 추가로 표시하여, 여러 경로에서 이런 정보를 검색하는데 필요한
시간을 절약해 줍니다. 이러한 생물학적 정보로 예측된 glycan 구조는 glycopeptides 특성화 우회지원으로
glycosylation 분석을 용이하게 합니다.