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Features 1

Robust Glycan and Glycopeptide Database

SimGlycan ® 데이터베이스는 8553개의 glycan, 4,029개의 biological source, 3773개의 glycan
composition, 5620개의 glycan class, 204가지의 biochemical reaction, 150개의 biological
pathway, 184개의 glycan 관련 enzyme 및 8142개의 기타 데이터베이스 링크를 포함하는 광범위한
관계 데이터베이스입니다. 추가glycans에 관한 정보가 발표되는 대로 데이터베이스는 지속적으로
업데이트 됩니다.

 
Comprehensive Result Analysis
모든 가능성 있는 glycan 구조에 대해, SimGlycan®은 glycan 조각, 구조, 시퀀스, 구성, glycan 질량,
클래스, 반응, 경로, 효소 및 기타 데이터베이스 링크 (CarbBank)를 제공합니다.

SimGlycan®은 실험한 m/z 그리고 glycopeptide와 떼어진 glycans 세기의 값(intensity values)을
받아들입니다. 이를 통해 안테나의 수, 구조에서 예측되는 reducing terminal monosaccharides 및
non- reducing terminal monosaccharides를 구체화하여 최종 검색결과의 정확도를 향상시킬 수 있습니다.
사용할 수 있는 파일 형식은 단순한 텍스트 파일, xls 파일 또는 mzData나 mzXML과 같은 표준 출력파일
형식을 포함합니다. 여러분의 장비가 무슨 장비이든, 제 3의 도구를 이용해 이러한 형식으로 변환하여 출력할
수 있다면 상관 없습니다. Applied Biosystems사의 4800 Plus MALDI TOF/TOF™ Analyzer와 4000
QTRAP®System 그리고 QSTAR® Elite System과 같은 질량분석기로 얻은 wiff나 t2d와 같은 다른 raw
파일형식은 바로 프로그램에 의해 지원됩니다. Precursor ion error, precursor ion m/z, spectrum peak
m/z error, glycan derivatization, ion mode, the adduct* 그리고 다음과 같은 고급 검색 매개변수를
설정합니다.

Class: Glycoprotein, Glycolipid, Polysaccharide, Oligosaccharide, Glycoside,

              Neoglycoconjugate 등과 같은 glycan의 class. Glycoproteins은 N-Glycan,
              O-Glycan, Glycosaminoglycan, GPI anchor 및 기타로 세분됩니다
Biological Source: Glycan 샘플을 분리한 biological source
Pathway: Glycan이 precursor나 metabolite로 관여하는 biochemical pathway
 
Project Management

SimGlycan®은 입력 프로파일 및 검색 매개변수에 따른 결과를 연합한 포괄적인 프로젝트 관리를
제공합니다. 여러분은 어떤 프로젝트든 열 수 있습니다. 각 프로젝트는 최대 10 개의 MS 프로파일을
포함할 수 있습니다. 프로젝트는 소스, 랩이나 연구목표를 바탕으로 분류하실 수 있습니다.
이것은 특히 대규모 glycan 분석 프로젝트를 수행할 때 중요합니다.

여러분이 버튼을 클릭하여 glycan 관련 정보를 액세스할 수 있습니다. 웹 기반 애플리케이션과 달리,
SimGlycan®은 사용자 자신의 컴퓨터에 저장할 수 있습니다. 사용 가능한 정보는 다음과 같이 구성되어
있습니다
Glycan Structure: Glycan의 분자구조 (carbohydrate sequence) 표시
Glycan Fragments: Fragmentation의 Domon Costello rules을 이용한 nomenclature, structure,
m/z value 및 mass 표시. 각 fragment에 serial number를 할당합니다.

i) Glycosidic Fragments: Single glycosidic과 glycosidic/glycosidic fragments를 표시합니다.
ii) Cross ring Fragments: Single cross ring과 glycosidic/cross ring fragments를 표시합니다.

Glycopeptide Structure: Peptide sequence와 glycan 구조와 같이 protein glycosylation site를
표시합니다.
 
Draw Glycans

SimGlycan®은 사용자가 glycan과 glycopeptide의 구조를 그리거나 수정할 수 있습니다.
Monosaccharide, 펩타이드 체인 또는 HSO3, ETN과 같은 subconstituent 추가/삭제
그리고 branching point와 anomeric linkages등을 버튼 클릭으로 수정할 수 있습니다.
각 단계에서, 사용자는 그려진 fragmentation구조와 실험 이론 데이터를 비교할 수 있고,
사용자는 자신이 수정한 이론적 glycan이 실험 데이터와 얼마나 근접한지 살펴볼 수 있습니다.
이 기능은 특히 관심 있는 glycans에 대한 데이터가 아직 없을 때 glycan 구조를 해결하는데
매우 도움이 됩니다.

 
Accurate Glycan Ranking

독자적인 검색 및 스코어링 알고리즘을 기반으로 가능한 모든 glycan 구조는 순위와 점수를 매깁니다.
Multi-charged fragment와 product ion 데이터 처리를 갖춘 순위(ranking) 알고리즘은 데이터베이스에
포함된 glycans의 질량과 실험 glycan의 질량이 얼마나 근접한지 숫자로 표시한 glycan score측정을
기반으로 합니다. 같은 질량의 glycan들은 그들의 강도(intensities) 감소 순서대로 순위가 결정됩니다.

Glycan 분석결과의 결과로서 점수와 함께 glycans의 목록이 Search Results Pane에 표시됩니다.
최고 등급의 glycan sequence가 목록의 가장 상위에 표시됩니다. 이 glycan이 가장 가능성 있는
glycan 구조이고 확률이 감소하는 나머지가 뒤를 잇습니다. SimGlycan® 여러분이 예측구조에
여러분 고유의 순위를 지정할 수 있습니다.

Fragment 명명법은 표준 Domon Costello 규칙 (1988)과 함께 Cooper et al.에 기술한 규칙을
기반으로 합니다. (1999)

 
Features 1
Features 2

Features 2

Mass Spectra Interpretation

SimGlycan®은 이론 fragment과 일치하는 눈에 띠는 실험m/z값으로 질량스펙트럼 해석을 돕고 연속
monosaccharide 단위의 손실을 묘사한 주석이 달린 스펙트럼을 생성합니다. 이는 연구자의 브랜칭
패턴 확립과 glycan 기본 단위 확인에 도움이 됩니다. 각 피크를 cartoons이나 Domon Costello
명명법을 사용하여 표현할 수 있습니다. 만약 다전하의 Fragment라면 또한 fragment의 전하상태도
표시합니다. SimGlycan®은 페이지에 맞게 또는 관심영역에 의거한 주석 질량스펙트럼을 생성 수
있습니다. 또한 여러분의 동료와 함께 결과 공유를 위해 보낼 수 있습니다. 간단한 인터페이스로
특정구역 위치확대, 특정구역 절단하여 보여주는 특정 m/z 범위, 그리고 결과 발표나 여러분 동료와
정보 공유를 위해 MS PowerPoint로 이미지 파일을 보낼 수 있습니다.



Cartoons are constructed using standard Consortium for Functional Glycomics (CFG)
nomenclature for monosaccharides (custom symbols are used where CFG annotations
are not available).



Fragment window를 시작하면, fragment이름과 함께 glycan fragment에 상응하는 구조가 표시됩니다.
녹색 부분은 허용 또는 m/z 값과 질량을 측정한 활성 fragment를 표시하고 회색부분은 glycan의 비활성
또는 불합격 부분을 나타냅니다.
Name: Displays the recommended and alternative names of the glycan.
Sequence: Displays the sequence of monosaccharides.
Composition: Displays the glycan composition.
Glycan Mass: Displays the mass computed from the glycan structure.
Precursor Ion m/z: Displays the m/z ratio computed from the composition.
Class: Displays an incomplete but ongoing classification of glycans.
Reaction: Displays biochemical reactions where the glycan appears as a substrate
                  or a product
Pathway: Displays biochemical pathway maps containing the participating glycans.
Enzyme: Provides information and EC number of enzymes for which the glycan is a
                 substrate or a product.
Other Database Links: Displays all CarbBank entries with the same glycan
                                        structure.
 

리포트 생성: 여러분의 연구실 노트북, 출판 또는 여러분의 동료와 정보공유를 위한 포괄적인 glycan
분석 보고서를 만들 수 있습니다. 보고서는 ID, 시퀀스, 이름, 성분, 질량, precursor ion m/z, 클래스,
반응, 경로와 glycan과 가능한 이론적 fragments의 graphical view와 같은 glycan 특성을 포함합니다.

SimGlycan ®은 이론 fragments에 필적하는 m/z 값을 눈에 띠게 합니다. 선택을 바탕으로, 구분(plots),
주석(annotates), 그리고 여러분의 연구실 노트북을 위한 .png 형식의 MS 프로파일을 보낼 수 있습니다.
간단한 인터페이스를 사용하여, Column과 Scatter plots간의 변환, 특정 플롯(plot) 지역 확대, 특정 플롯
(plot) 구역을 표시하기 위한 m/z 범위 구체화 할 수 있습니다.

SimGlycan®은 예측 glycan 구조에 대한 사용자 고유의 순위배정, comments첨가, fragment의 질량,
이름 및 m/z 값에 따른 검색을 할 수 있습니다
 
* 참고 : 어떤 음이온이나 양이온은 precursor/product ions을 형성하기 위해 glycan/glycan
             fragments와 결합합니다. 현재 프로그램 버전은 fragmentation에 대한 adducts로 H와 Na를
             지원합니다. 만약 Li 또는 K adduct로 연구 하신다면 support@premierbiosoft.com에 적어
             보내주세요
 
* 참고사항 : 웹 페이지와 소프트웨어에 사용된 질량분석기 용어와 정의는 Murray et al (2006)에 기술한
                   Standard IUPAC에 상세히 기술되어 있습니다